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한국의 전통불교를 수호하고 일제의 사찰정책에 대항하려는 의식의 발로에 의하여 창립된 선학원은 그 이념적 구현체로서 1922년 3월 30일 선우공제회(禪友共濟會)를 결성하였다.

선풍진작과 청정비구들의 자주?자립을 사명감으로 설치된 선우공제회는 일제의 식민지 불교정책으로 만연된 계율파괴와 전통적인 선(禪)수행의 상실을 우려한 수좌들이 사찰령(寺刹令)의 구속을 피하면서 일제 불교에 대한 저항을 기하려는 현실인식의 산물이었다.
이는 선학원 창설이 일제의 불교정책에 대항하는 항일의식의 자연스러운 발로였음을 단적으로 말해준다.

1931년 적음스님이 선학원의 재정기반을 확립하고 선의 대중화에 주력하면서 중흥기를 맞이하였다.
같은 해 10월 6일 <<선원>>을 창간하였다.
1934년에 재단법인 조선불교중앙선리참구원(朝鮮佛敎中央禪理參究院)으로 인가받기에 이르렀다.
1935년에 한국불교의 청정전통을 사수하기 위해 조선불교전국수좌대회(朝鮮佛敎全國首座大會)를 개최하고, 조선불교선종 종무원을 발족시켰다.
1941년 10일간 선학원에서 청정승풍과 전통선맥을 선양하기 위해 만공, 한영, 동산 등 청정비구 34인이 참석한 유교법회(遺敎法會)를 개최하였으며, 이어서 선학(禪學)과 계율(戒律)을 수호하고 선양하기 위한 단체로 범행단(梵行壇)을 조직하였다.
1942년 선학원에서 만해 한용운, 성월일전, 만공월면 등 8명의 납자가 발기하여 <<경허집 >>을 발간하였다.

암울한 일제치하 선학원을 중심으로 한 한국불교 전통수호에 대한 각고의 노력은 해방 이후 청담, 동산, 석주스님 등 선학원 수좌를 중심으로 한 불교정화운동의 이념적?실천적 맹아가 되었으며, 1941년 조선불교조계종(朝鮮佛敎曹溪宗) 출범의 모체가 되었다.
재단법인 선학원 부설 한국불교선리연구원은 이러한 선학원의 설립정신이 잘 계승되지 못함을 안타깝게 생각하여 선학원의 창립정신을 계승하고 한국불교의 미래 지향적 발전을 위한 연구기관으로 개원하게 되었다.

연구원에서는 선학원의 역사성과 정체성 확립을 위해 한국불교사 연구, 선학원 설립조사와 선사들의 역사사료 발굴 및 사상을 지속적으로 연구함으로써 선학원의 설립정신을 현대적으로 재해석하고자 한다. 나아가 선(禪)수행을 중심으로 다양한 불교 수행문화와 불교 인접분야와 연계한 문화 활동들도 전개하고자 한다.

추진할 주된 사업으로는 매년 한두 차례 학술회의 개최 및 학술총서 발간, 우수논문공모 및 월례발표회 등을 계획 중이다.
우선 올 10월경에 ‘선학원의 과거, 현재 그리고 미래’라는 제목으로 학술회의를 개최할 예정이다.

연구원의 이러한 활동들은 한국불교사와 근·현대 불교사상을 재조명하고, 선학원 설립조사와 선사들의 행적 발굴을 통해 선학원의 역사성과 정체성을 규명할 것이다. 아울러 선리진작(禪理振作)이라는 선학원 설립정신을 현대적으로 승화하여 ‘선(禪)'수행과 다양한 불교수행 전통들을 현대적으로 재해석하는데 일조할 것이다.

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